Existența Podgoriei Cotnari este merge în istorie înaintea epocii geto-dace. Vestigiile arheologice aparținând culturii Cucuteni (mileniile III - II î.Hr.) descoperite în zonă au adus faimă mondială regiunii.
Uneltele de uz viticol descoperite în vatra unei foste cetăți traco-getice de pe Dealul Cătălina indică în mod clar specializarea viticolă a zonei.
Documente domnești, semnate de Petru Mușat și Alexandru cel Bun confirmă, de asemenea, continuarea tradiției viticole în zonă.
În Evul Mediu faima Podgoriei Cotnari depășește granițele țării, la fel ca și vinurile produse aici, care sunt exportate în Polonia și în alte țări din Occident.
Chiar dacă astăzi pare de necrezut, în veacul al XVII-lea Cotnariul era al treilea cel mai mare oraș din Moldova, după Suceava (capitala țării) și Bacău.
După decimarea viilor cauzate de invazia filoxerei, viile au fost refăcute, însă tot cu soiuri din sortimentul autohton: Grasă de Cotnari, Frâncușă, Tămâioasă românească, Fetească albă.
